Train Tower Defense introduz uma nova abordagem ao tradicional gênero de Tower Defense, colocando os jogadores no papel de um maquinista chamado Thomas, que está em uma missão para proteger seus vagões cheios de ouro. À medida que ele navega por várias localidades, Thomas enfrenta ondas incessantes de adversários, incluindo orcs, goblins e xamãs, todos determinados a frustrar seu progresso. Os jogadores devem gerenciar recursos estrategicamente para construir torres de defesa que protejam o trem desses inimigos ameaçadores. Com um trem que pode evoluir e utilizar uma variedade de habilidades especiais, além de dez tipos de torres e cinco tipos distintos de inimigos, o jogo oferece um rico potencial para personalização e planejamento tático em dez mapas diversos.