Anomaly 2 bringt eine innovative Wendung in das traditionelle Tower-Defense-Genre, das im nahen Zukunftsjahr 2018 angesiedelt ist. Nach einem verheerenden Konflikt mit extraterrestrischen Kräften streifen Überreste feindlicher Maschinen noch immer über die Erde. In einem letzten Versuch, ihre Welt zurückzuerobern, mobilisiert die Menschheit ihre verbleibenden Ressourcen, um diese Bedrohungen zu beseitigen. Die Spieler werden verschiedene Standorte durchqueren und systematisch feindliche Fahrzeuge aus dem Weg räumen, während sie ihre Kampfausrüstung verbessern. Jeder Charakter verfügt über einen einzigartigen Talentbaum, der strategische Upgrades und die Bildung mächtiger Trupps ermöglicht. Letztendlich müssen die Spieler ihr Team zum Sieg gegen die verbleibende Bedrohung führen und das Überleben der Menschheit sichern.