Bendy and the Ink Machine versetzt die Spieler in ein unheimliches, animiertes Universum, während sie in die Rolle von Henry schlüpfen, einem leitenden Animator aus den 1930er Jahren. Nach jahrelanger Abwesenheit erhält er eine mysteriöse Einladung, zu Joey Drew Studios zurückzukehren, wo er sich den beunruhigenden Überresten seiner Vergangenheit gegenübersieht. Während er sich in dieser gruseligen Umgebung bewegt, begegnet Henry albtraumhaften Gestalten und muss eine Reihe komplizierter Rätsel lösen, während er dunkle Geheimnisse aufdeckt, die im Studio verborgen sind. Dieses fesselnde Abenteuer verbindet Nostalgie und Angst und zwingt die Spieler, den unheimlichen Charme einer einst geliebten Cartoon-Welt zu erkunden, die sich in eine Landschaft des Schreckens verwandelt hat.