Crystalline Visual Novel lädt die Spieler in eine reichhaltige, immersive Handlung ein, die in der bezaubernden Fantasy-Welt von Terra spielt. Der Protagonist, unerwartet in diese magische Welt transportiert, verbündet sich bald mit Linna und einem Rittermagier, die die mysteriösen Energiefluktuationen in der Gegend untersuchen. Während ihre Ermittlungen fortschreiten, entdecken sie, dass die Quelle dieser kraftvollen Energie vom Protagonisten selbst stammt, was auf eine tiefere Verbindung zur Welt hindeutet. Die Spieler begeben sich auf ein Abenteuer, das von vielfältigen Entscheidungen und zahlreichen Handlungssträngen geprägt ist, was personalisierte Interaktionen mit den Charakteren und die Gestaltung ihrer eigenen einzigartigen Erzählung ermöglicht.