Cypher 007 taucht die Spieler in ein aufregendes Stealth-Action-Erlebnis ein, in dem sie in die Rolle des ikonischen britischen Spions, Agent 007, schlüpfen. In dieser fesselnden Erzählung hat sein Erzfeind, Blofeld, einen sinisteren Plan entwickelt, der die Gefangennahme und Inhaftierung von Bond in einer psychiatrischen Einrichtung umfasst. Der Bösewicht plant, eine Gehirnwäsche-Technik namens Cypher einzusetzen, um Bond in einen idealen Doppelagenten zu verwandeln. Die Spieler müssen eine Reihe komplexer Level durchqueren, Informationen sammeln und verborgene Wahrheiten aufdecken, während sie eine Vielzahl von Spionagefähigkeiten nutzen. Mit fortschreitendem Spielverlauf werden die Herausforderungen schwieriger und erfordern Strategie und Präzision, um Blofelds Machenschaften zu vereiteln und den Fängen seines ruchlosen Plans zu entkommen.