Johnny Bonasera 2 folgt den wilden Abenteuern von Johnny Bonasera, während er seinen Fokus von seinen früheren Kämpfen gegen Punks auf eine chaotischere Welt verlagert, die mit Extraterrestriern, geheimen Agenten und einer Vielzahl von Verbrechern gefüllt ist. Während sich die Geschichte entfaltet, findet sich Johnny in einem Netz aus Intrigen und Gefahr verstrickt, gefangen in einem Polizeirevier, als er sich Freiheit erhofft hatte. Da die Zeit drängt und die drohende Bedrohung durch die tollkühnen Pläne von Captain Huachimolet naht, beschließt Johnny, die Sache selbst in die Hand zu nehmen. Angetrieben von Entschlossenheit begibt er sich auf eine Mission, um den Aliens direkt gegenüberzutreten und gegen die Zeit zu kämpfen, um eine bevorstehende Katastrophe zu verhindern.