Shinsekai Into the Depths führt in eine düstere Zukunft, in der die Menschheit sich unter die eisbedeckte Oberfläche der Erde zurückgezogen hat, um in den Tiefen des Ozeans zu überleben. Nachdem sein einsames Unterwasserhaus von dem unaufhörlichen Vorrücken des Eises zerstört wurde, begibt sich der Protagonist, ein Aquanaut, auf eine gefährliche Reise durch ein rätselhaftes aquatisches Reich. Geleitet von einer seltsamen mechanischen Entität muss er gefährliche Umgebungen navigieren und die verborgenen Wunder und Bedrohungen des tiefen Meeres entdecken. Während seines Abenteuers muss er die Integrität seines Taucheranzugs und den Sauerstoffgehalt im Auge behalten, während er die reiche Biodiversität erkundet, die in dieser subaquatischen Welt voller Geheimnisse existiert.