सुपर मीट बॉय फॉरएवर मूल खेल के कई वर्षों बाद की कहानी को उठाता है, जो मीट बॉय और बोंडेज गर्ल के जीवन पर केंद्रित है, जो खुशी-खुशी अपनी बेटी, नगेट को पाल रहे हैं। उनकी शांत जीवनशैली तब अंधेरे मोड़ ले लेती है जब उनके पुराने दुश्मन, डॉ. फेटस, एक पारिवारिक पिकनिक के दौरान नगेट का अपहरण कर लेते हैं। सदमे से उबरने के बाद, यह नायकीय जोड़ी अपनी बेटी को बचाने और डॉ. फेटस को ऐसा सबक सिखाने की शपथ लेती है जिसे वह कभी नहीं भुला सकेगा, एक ऐसा सबक जो बहुत सारी एक्शन और कठिन चुनौतियों के साथ आता है।
यह खेल अपने पूर्ववर्ती की कुख्यात कठिनाई को बनाए रखता है, खिलाड़ियों को जटिल रूप से डिजाइन किए गए स्तरों के माध्यम से नेविगेट करने की चुनौती देता है जो खतरों से भरे होते हैं। प्रत्येक स्तर तेज़ खेल का वादा करता है, जहां बाधाओं को पार करने का रोमांच असफलता की संभावना के साथ होता है। इस कड़ी में, खेल का अनुभव अत्यधिक दोहराने योग्य है; स्तरों को यादृच्छिक रूप से उत्पन्न किया जाता है, जिससे हर बार खेलने पर नए वातावरण और गुप्त क्षेत्र मिलते हैं। यह अभिनव दृष्टिकोण न केवल पुनः खेलने के मूल्य को बढ़ाता है, बल्कि डेवलपर्स की खेल डिजाइन की सीमाओं को आगे बढ़ाने की प्रतिबद्धता को भी प्रदर्शित करता है, खिलाड़ियों को सुपर मीट बॉय फॉरएवर को जीतने के प्रत्येक प्रयास में नए चुनौतियों का अनुभव करने की अनुमति देता है।