Anomaly 2 memperkenalkan sentuhan inovatif pada genre pertahanan menara tradisional, dengan latar belakang tahun 2018 yang dekat di masa depan. Setelah konflik yang menghancurkan dengan pasukan extraterrestrial, sisa-sisa mesin musuh masih berkeliaran di bumi. Dalam upaya terakhir untuk merebut kembali dunia mereka, umat manusia menggerakkan sumber daya yang tersisa untuk menghilangkan ancaman ini. Pemain akan menjelajahi berbagai lokasi, secara metodis membersihkan kendaraan musuh sambil meningkatkan peralatan tempur mereka. Setiap karakter memiliki pohon bakat yang unik, memungkinkan peningkatan strategis dan pembentukan regu yang kuat. Pada akhirnya, pemain harus memimpin tim mereka untuk meraih kemenangan melawan ancaman yang membandel, memastikan kelangsungan hidup bangsa manusia.