Cypher 007 membawa pemain ke dalam pengalaman aksi stealth yang mendebarkan, di mana mereka menjalani peran sebagai mata-mata Inggris yang ikonis, Agen 007. Dalam kisah yang mendebarkan ini, musuhnya, Blofeld, telah merancang skema jahat yang melibatkan penangkapan dan penahanan Bond di sebuah fasilitas psikiatri. Penjahat itu bertujuan untuk menggunakan teknik pencucian otak yang disebut Cypher, mengubah Bond menjadi agen ganda yang ideal. Para gamer harus menavigasi serangkaian level kompleks, mengumpulkan intel, dan mengungkap kebenaran yang tersembunyi sambil memanfaatkan berbagai keterampilan spionase. Seiring mereka maju, tantangan menjadi semakin sulit, memerlukan strategi dan presisi untuk menggagalkan rencana jahat Blofeld dan melarikan diri dari cengkeraman rencananya yang licik.