Reign of the Ninja memperkenalkan pemain pada sebuah turnamen yang mendebarkan di mana mereka mengambil peran sebagai tujuh ninja yang berbeda yang bersaing untuk meraih kejayaan dan hadiah utama sebesar 100.000 koin emas. Merayakan ulang tahun ke-60 Kaisar Hiroshi Ota, acara ini memanggil para pejuang terbaik yang dipilih oleh pemimpin desa di seluruh Jepang. Setiap ninja memiliki kemampuan dan senjata unik, memungkinkan pemain untuk memilih karakter yang sesuai dengan gaya bermain yang mereka inginkan. Saat para pesaing bertarung melewati turnamen, mereka mengungkap motivasi pribadi yang mendorong setiap ninja, yang dapat mengarah pada kemungkinan membuka tujuh akhir yang unik. Masuki dunia pertarungan yang terampil, strategi, dan alur cerita yang kaya saat turnamen berlangsung.