Anomaly 2 introduce un'innovativa variazione del tradizionale genere tower defense, ambientato nel contesto del prossimo futuro dell'anno 2018. Dopo un devastante conflitto con forze extraterrestri, i resti della macchina nemica continuano a imperversare sulla terra. In un ultimo sforzo per riconquistare il proprio mondo, l'umanità mobilita le sue risorse rimaste per eliminare queste minacce. I giocatori esploreranno varie location, ripulendo metodicamente i veicoli ostili mentre potenziano il loro equipaggiamento da combattimento. Ogni personaggio vanta un albero delle abilità unico, che consente aggiornamenti strategici e la formazione di squadre potenti. In definitiva, i giocatori devono guidare il loro team verso il trionfo contro la minaccia persistente, assicurando la sopravvivenza della razza umana.