Cure Hunters memulakan perjalanan yang mendebarkan yang berlangsung pada tahun 2078, selepas satu kemalangan meteor yang membawa virus mematikan kepada kemanusiaan. Dalam usaha yang penuh dengan harapan untuk bertahan hidup, Jeneral Vaccinesz yang berani mengumpulkan pasukan mahir yang bertugas menyelidik Bumi yang hancur untuk mencari vaksin. Pemain akan terlibat dalam pengembaraan epik yang dipenuhi dengan penjelajahan dan pertarungan, melawan pelbagai musuh sambil menjelajahi pelbagai landskap. Sepanjang pencarian mereka, mereka akan berjumpa dengan watak-watak menarik, masing-masing dilengkapi dengan senjata yang unik, yang semuanya menyumbang kepada misi utama untuk menghapuskan virus dan mengembalikan harapan kepada dunia yang hancur.