Anomaly 2 wprowadza innowacyjny element do tradycyjnego gatunku tower defense, osadzony w niedalekiej przyszłości roku 2018. Po zniszczeniu, jakie przyniósł konflikt z siłami pozaziemskimi, resztki wrogiej maszyny wciąż krążą po ziemi. W ostatnim wysiłku, aby odzyskać swój świat, ludzkość mobilizuje pozostałe zasoby, aby wyeliminować te zagrożenia. Gracze będą poruszać się po różnych lokalizacjach, systematycznie eliminując wrogie pojazdy, jednocześnie ulepszając swoje wyposażenie bojowe. Każda postać dysponuje unikalną drzewkiem talentów, co pozwala na strategiczne ulepszenia i formowanie potężnych drużyn. Ostatecznie gracze muszą poprowadzić swoją drużynę do zwycięstwa nad utrzymującym się zagrożeniem, zapewniając przetrwanie rasy ludzkiej.