Джонни Бонасера 3 повествует о захватывающих приключениях Джонни, который ловко избегает поимки полицией и угоняет космический корабль из ангаров 19, чтобы отправиться в смелое путешествие в космос. Его миссия fueled by страстным желанием спасти свою мать и капитана Уачимолетэ из лап мучительных инопланетян, которые неустанно вырывают важную информацию о Земле и о самом Джонни. На протяжении своего межзвёздного путешествия Джонни встречает множество эксцентричных персонажей, которые приносят моменты юмора через оживлённые разговоры и сложные головоломки, требующие умных решений. Более того, игроки могут столкнуться с этими персонажами, используя оскорбления, запугивание или физическое противостояние, что добавляет дополнительный уровень взаимодействия в игру.