Anomaly 2, geleneksel kule savunma türüne yenilikçi bir dokunuş getiriyor ve bunu yakın gelecekte, 2018 yılı arka planında sunuyor. Uzaylı güçlerle yaşanan yıkıcı bir çatışmanın ardından, düşman makinelerinin kalıntıları hala dünyayı dolaşıyor. İnsanlık, dünya üzerindeki bu tehditleri ortadan kaldırmak için kalan kaynaklarını seferber ederek son bir çaba sarf ediyor. Oyuncular, çeşitli yerlerde dolaşarak düşman araçlarını sistematik bir şekilde temizlerken, savaş ekipmanlarını da geliştirecekler. Her karakter kendine özgü bir yetenek ağacına sahip olup, stratejik yükseltmelere ve güçlü takımlar oluşturmaya olanak tanıyor. Sonuç olarak, oyuncular takımlarını, insan ırkının hayatta kalmasını sağlamak için kalıcı tehlikeye karşı zafer kazanmaya yönlendirmelidir.