Cypher 007 đưa người chơi vào một trải nghiệm hành động lén lút đầy phấn khích, nơi họ bước vào vai của điệp viên huyền thoại người Anh, Agent 007. Trong câu chuyện hấp dẫn này, kẻ thù của anh, Blofeld, đã bày ra một âm mưu độc ác liên quan đến việc bắt giữ và giam giữ Bond trong một cơ sở tâm thần. Kẻ ác này nhằm sử dụng một kỹ thuật tẩy não gọi là Cypher, biến Bond thành một điệp viên hai mang lý tưởng. Người chơi phải điều hướng qua một loạt các cấp độ phức tạp, thu thập thông tin và khám phá những sự thật ẩn giấu trong khi sử dụng nhiều kỹ năng gián điệp khác nhau. Khi tiến bộ, những thách thức trở nên khó khăn hơn, đòi hỏi chiến lược và sự chính xác để ngăn chặn các âm mưu của Blofeld và thoát khỏi sự nắm giữ của kế hoạch độc ác của hắn.