Super Meat Boy Forever tiếp tục câu chuyện nhiều năm sau khi trò chơi gốc ra mắt, tập trung vào cuộc sống của Meat Boy và Bondage Girl, những người đã hạnh phúc nuôi dưỡng cô con gái của họ, Nugget. Cuộc sống yên bình của họ bỗng chốc bị đảo lộn khi kẻ thù cũ của họ, Dr. Fetus, bắt cóc Nugget trong một buổi dã ngoại gia đình. Tỉnh táo lại sau cú sốc, cặp đôi anh hùng quyết tâm cứu con gái của họ và dạy cho Dr. Fetus một bài học mà hắn sẽ chẳng bao giờ quên, một bài học đi kèm với nhiều hành động và thử thách khó khăn.
Trò chơi duy trì mức độ khó khăn nổi tiếng của người tiền nhiệm, thách thức người chơi điều hướng qua những cấp độ được thiết kế tinh vi đầy cạm bẫy. Mỗi cấp độ hứa hẹn mang đến trải nghiệm gameplay căng thẳng, nơi sự phấn khích khi vượt qua chướng ngại vật đi kèm với khả năng thất bại. Đặc biệt trong phiên bản này, trải nghiệm gameplay rất có thể chơi lại; các cấp độ được tạo ngẫu nhiên, mang đến môi trường mới mẻ và các khu vực bí mật trong mỗi lần chơi. Cách tiếp cận đổi mới này không chỉ nâng cao giá trị chơi lại mà còn thể hiện cam kết của các nhà phát triển trong việc mở rộng ranh giới thiết kế trò chơi, cho phép người chơi trải nghiệm những thách thức mới với mỗi nỗ lực chinh phục Super Meat Boy Forever.