Train Tower Defense giới thiệu một yếu tố mới cho thể loại phòng thủ tháp truyền thống bằng cách đặt người chơi vào vai một thợ máy tên là Thomas, người đang thực hiện một nhiệm vụ bảo vệ các toa xe của mình được chất đầy vàng. Khi điều hướng qua các địa điểm khác nhau, Thomas phải đối mặt với những làn sóng kẻ thù không ngừng, bao gồm orc, goblin và thầy phù thủy, tất cả đều quyết tâm cản trở tiến trình của anh. Người chơi phải quản lý tài nguyên một cách chiến lược để xây dựng các tháp phòng thủ bảo vệ tàu khỏi những kẻ thù đe dọa này. Với một chiếc tàu có thể tiến hóa và sử dụng nhiều khả năng đặc biệt, cùng với mười loại tháp và năm loại kẻ thù khác nhau, trò chơi mang đến tiềm năng phong phú cho việc tùy biến và lập kế hoạch chiến thuật trên mười bản đồ đa dạng.